Cuộc xâm lược của Đức ngày 6 tháng 4 năm 1941 thắng lợi chỉ sau chưa tới mười ngày, chấm dứt với sự đầu hàng vô điều kiện của Quân đội Hoàng gia Nam Tư ngày 17 tháng 4. Lãnh thổ Croatia, Bosnia và Herzegovina và vùng Syrmia tại Vojvodina trở thành một nhà nước bù nhìn của Phát xít Đức[21][22] được gọi là Nhà nước Croatia Độc lập. Istria, thành phố cảng của Rijeka, và một phần của Dalmatia tới tận Split bị Italia chiếm đóng. Baranja và Medjumurje bị Hungary chiếm. Dù Ustashe mới chỉ quay lại sau khi bị trục xuất, họ đã được trao trách nhiệm điều khiển chế độ mới, những kẻ chiếm đóng Phe trục ban đầu đề xuất trao chức lãnh đạo cho Vladko Maček, lãnh đạo Đảng Nông dân Croatia (HSS), nhưng ông từ chối. Chỉ một ngày sau khi tiến vào Zagreb, ngày 17 tháng 4 năm 1941, Ante Pavelić tuyên bố rằng mọi người đã xúc phạm hay tìm các xúc phạm chống lại nhà nước Croatia đều bị tuyên án phản bội - một tội danh sẽ bị tử hình.[23] Chế độ Ustashe đưa ra các điều luật chống Semitic kiểu Nuremberg, và cũng tiến hành các cuộc thảm sát chủ yếu chống lại người Serb và những sắc tộc phi Croat khác,[24] cũng như thành lập các trại tập trung như trại tập trung tại Jasenovac và Stara Gradiska nơi những người chống đối chế độ Ustashe và những người 'gây phiền phức' khác bị giam giữ.[25] Các tu sĩ Cơ đốc cũng liên quan tới phong trào Ustashe, đặc biệt vị Cha Miroslav Filipović khét tiếng bị lột áo thầy tu. Tuy nhiên, những người khác như Tổng giám mục Zagreb Alojzije Stepinac không chỉ lên án các tội ác của Ustashe trong các bài giảng của mình mà còn cung cấp nơi trú ngụ và bảo vệ cho những người Serb và người Do Thái bị truy đuổi. Thư viện Ảo Do Thái ước tình rằng từ 45.000 tới 52.000 người Serb Croatia bị giết hại tại Jasenovac và khoảng 330,000 tới 390,000 người Serb là nạn nhân của toàn bộ chiến dịch diệt chủng.[26]

Những tàn tích của Quân đội Hoàng gia Nam Tư, sau này được tổ chức lại trong Chetnik Serbia, kháng chiến chống lại sự chiếm đóng Phát xít và những kẻ cộng tác Ustashe của chúng, nhưng Chetnik Bảo hoàng Nam Tư nhanh chóng hợp tác với Phát xít Đức và Phát xít Ý. Cuộc nội chiến bùng nổ, với mọi phe phái đánh lẫn nhau. Sau này, trước "Chiến dịch Barbarossa" tấn công Liên Xô đầy bất ngờ của Hitler, một cuộc nổi dậy lớn diễn ra ngày 22 tháng 6 năm 1941 với việc tạo lập 1st Sisak Partisan Detachment. Giới lãnh đạo phong trào du kích Nam Tư nằm trong tay Josip Broz Tito người Croat, chính sách anh em và thống nhất của ông cuối cùng không những chỉ đánh bại những kẻ chiếm đóng Phe trục, mà còn nhiều kẻ cộng tác của chúng trong các lực lượng vũ trạng của Nhà nước Croatia Độc lập và những kẻ phản bội khác (có mặt trong mọi nhóm quốc gia và xã hội Nam Tư). Thắng lợi của những người du kích Nam Tư trước những kẻ chiếm đóng Phát xít và đồng minh của chúng dẫn tới các cuộc thảm sát những người Croatian Domobran (Home Guard) và Ustashe, họ bị Quân đoàn số 8 của Anh trục xuất khỏi Áo. Trong thập kỷ sau Thế chiến II, tới 350.000 người sắc tộc Italia rời bỏ Nam Tư.[27]

Số lượng nạn nhân của Thế chiến II tại Nam Tư vẫn là một nguồn gây tranh cãi lớn giữa những nhà sử học và các viện hàn lâm quốc gia Serbia và Hrvatska một bên và các nhà nghiên cứu độc lập một bên, đáng chú ý nhất là Vladimir Žerjavić (một người Croat) và Bogoljub Kočović (một người Serb), và những người khác.[28]